Основные направления научной деятельности факультета:

1. Физика конденсированного состояния;
2. Численное моделирование задач гидродинамики;
3. Исследование криптографических методов защиты информации;
4. Проблема инновационного обучения математики в средней школе и в вузе;
5. Численная реализация некоторых задач математической физики;
6. Агроэкологические основы технологий аграрного производства и научно-методические аспекты преподавания специальных и технических дисциплин;
7. «Создание единой инновационно-образовательной среды»;
8. По приоритету: «Интеллектуальный потенциал страны», по подприоритету: «Фундаментальные исследования в области естественных наук», по теме: «Идентификация эфирных масел из высших сосудистых растений»;
9. По приоритету: «Интеллектуальный потенциал страны», по подприоритету: «Фундаментальные исследования в области естественных наук», по теме: «Биотехнология создания и клонирования перспективных сортов картофеля для пополнения и рационального использования генетических ресурсов Восточного Казахстана».