Университет сотрудничает по выполнению научно-исследовательских работ со следующими НИИ и предприятиями с АО «Институт химических наук имени А.Б.Бектурова», РГП на ПХВ «Национальный ядерный центр Республики Казахстан», АО «Ульбинский металлургический завод», KAZ Minerals, ДГП на ПХВ, «Научно-исследовательский институт математики и механики», Казахский национальный университет, АО «Институт металлургии и обогащения», Алтайский филиал с ТОО «Казахский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства», Институт топлива, МОН РК, Управление внутренней политики ВКО, ТОО «ТеплоЭкоСервис», ТОО «BEST», ТОО «Оздоровительный центр Масимова», ТОО «АЭС Усть-Каменогорская ГЭС»,  «Институт биологии и биотехнологии растений» КН МОН РК, ОФ Bilim Foudation, ГУ «Управление сельского хозяйства ВКО, ТОО «Восточно-Казахстанская сельскохозяйственная опытная станция», АО «Семей-инжиниринг» и др.

Предприятия - партнеры в НИР ВКУ им. С. Аманжолова